Расщепление урана в земных недрах вызвало неуправляемую цепную реакцию в теле Годзиллы, превращая его в ядерную бомбу замедленного действия, готовую взорваться в любую минуту.
В это время в одной из лабораторий Токио ученые создают препарат, неверное применение которого приводит к созданию супермонстра «РАЗРУШИТЕЛЯ», уничтожающего все на своём пути. Единственный шанс человечества на выживание - что в чудовищной схватке титанов не будет победителя.
Изначально кинокомпания «Toho» собиралась снять ещё один фильм, главным героем которого уже стал бы Малыш Годзилла. Но в связи со смертью в 1993 году режиссёра Исиро Хонды, снявшего ещё первого Годзиллу франшизу решено было завершить «Годзиллой против Разрушителя». Как и в случае с «Террор Мехагодзиллы», «Toho» не собиралась прекращать выпуск фильмов о Годзилле.
Перерыв был взят в связи с тем, что в США к тому моменту компания «TriStar» готовилась выпустить свою серию фильмов о Годзилле, а «Toho» планировала возобновить работу в 2004 году (к 50-летию). Однако, в силу того, что первый же американский «Годзилла» был негативно воспринят фанатами японского Годзиллы, «Toho» приняла решение не ждать 2004 года.