Использование атомного оружия сотрясает подземный мир Сеатопию, и его правители решают послать на поверхность своего страшного монстра Мегалона, чтобы он уничтожил человечество.
В это время инженер Горо Ибуки проводит испытания своего робота Джет Ягуара. Когда появляется Мегалон, робот выходит из-под контроля, взлетает и отправляется на остров с монстрами, чтобы позвать на помощь Годзиллу.
За всеми действиями следят сеатопийцы. Видя, что их монстру противостоят Годзилла и сконструированный людьми робот, они просят помощи у своих союзников с другой планеты, и те посылают на Землю Гайгана, как годом ранее.
Для Годзиллы и Джет Ягуара этот бой будет очень тяжёлым, а Горо и его друзьям не остаётся ничего иного, как только наблюдать за всем происходящим.